Bis zum Jahre 1539 hatte das Dorf Altstadt Borna eine eigene Kirche. Der Chronist Bernhardt schrieb um 1760: „Die dritte Kirche (in Borna) ist die Johanneskirche, welche in der Altstadt an der Straße, wo jetzt der verwitweten Bergerin ihr Haus steht, erbauet gewesen und dem St. Johanni geheiligt worden. 1530 hat sie noch gestanden, und haben damals die Altstädter, Wenigbörner und Gnandörfer ihren Gottesdienst darinnen gehalten, auch ihre Todten dahin begraben.
Die Gnandörfer hatten damals einen Fußsteig über die Wyhra, um in diese Kirche näher, als durch die Stadt zu kommen.“ In Aufzeichnungen des Bornaer Ratsarchives von 1534 steht dazu, dass die Johanneskirche „auf einem Platz mit einer Planke umzogenen Platz“ stand. Der genaue Standort des Kirchleins ist heute nicht mehr genau nachvollziehbar. Zu vermuten ist der Kreuzungsbereich Gartenstraße / Altstädter Hauptstraße, den die Leipziger Straße gab es noch nicht. (siehe Lageplan von R. Weber) „Die Johanneskirche hatte 3 Glocken, besaß verschiedene Meßgewänder von Sammt und anderen Stoffen, sowie Alben (weiße Priestermäntel), Chorröcke, seidne Vorhänge, alte und neue seidne Fahnen, Fastentücher, Altar- und Tischtücher, ,quelen’ (Handtücher), ingleichen Leuchter, Silberspangen, silberne Kelche, einen Sprengkessel außerhalb der Kirche, 17 eiserne Kühe und 5 eiserne Schafe. Von 17 Einwohnern mußte ein jeder jährlich 1 Pfd. Wachs an die Kirche liefern.“ (Wolframsche Chronik)
Aber warum wurde das Gotteshaus nun abgerissen? Seit vielen Jahren war das Gotteshaus baufällig. Durch das Gemäuer fegte der Wind. Doch nicht nur durch das Gemäuer, auch durch das Land fegte ein aufbrausender Wind. Die Reformation eines Wittenberger Mönches zog die Christen in ihren Bann.
So wundert es nicht, das auch die Altstädter und Gnandorfer die lutherischen Predigten hören wollten. Schon seit 1519 hatte Borna mit Wolfgang Fusius ein evangelischen Pfarrer. So wurde seit 1533 in der Johanniskirche kein Gottesdienst mehr abgehalten und die Kirche verfiel immer mehr. Bei der Kirchenvisitation von 1533 an der Georg Spalatin, enger Vertrauter von Martin Luther, teilnahm, berichtete: es „ist über anderm gehandelt worden, daß die 3 Gemeinden vor Borna verwilligt, sich hinfort, um Secten zu verhüten, Pfarrrechts in der Stadt zu erholen, doch also, daß sie durch den Kaplan aller 14 Tage einst um ihrer Kinder und Kranken willen den Katechismus haben sollen ...“
Damit war die Kirchgemeinde Altstadt mit Wenigborna und Gnandorf nach Borna eingepfarrt. Von daher war das alte Gemäuer überflüssig und wurde 1539 abgerissen. Auch der Friedhof wurde eingeebnet. Die Toten wurden ab jetzt auf den Kunigundenfriedhof beigesetzt. Magister Winkler vermerkte zur Auflösung der Kirche später dazu: „Aus der St. Johanniskirche haben wir aus gnädigster Vergünstigung des damahligen Chur-Fürsten Hertzog Johann Friedrichs ... die Chor-Röcke und andere kostbare Sachen mehr, welche wir noch heut zu Tage in unser Stadt-Kirchen bebrauchen. Und von dieser Kirchen hat man Ao. Christi 1531 den baufälligen Hospital, so hundert Jahr zuvor, nemlich 1440 dem S. Georgio zu Ehren auffgebaut worden, renoviert, welches ebenfals mit rühmlichst-gedachten Chur-Fürstens und dessen Bruder Hertzog Johann Ernsten Bewilligung geschehen, wie solches in hiesigen Kirchen-Kastens Capital-Buche befindlich, und seyn 617 Thlr. 17 Gr. 1 Pf. und 1 Hll. Unkosten, welche meistentheils von dem Silber-werck der St. Johannis-Kirchen genommen, und zu Schneeberg vermuntzet worden, drauff gegangen.“
Daraus ist ersichtlich das die liturgischen Geräte und Gewänder an die Stadtkirche gingen und mit dem abgebrochenen Baumaterial wurde das Hospital St. Georg (heutiges Postgelände) renoviert. Das Silberwerk dagegen wurde zur Schneeberger Münze gebracht und zum Geld prägen verwand. Einer der Glocken, „welche die Salusglock von altersher genannt“ wurde in der Stadtkirche aufgehangen. 1543 wurde für die Altstädter Kirchgänger ein Glockenturm aufgestellt, um zum Gottesdienst nach Borna gerufen zu werden. Jedoch wurde dieser im Dreißigjährigen Krieg zerstört.
Um 1544 standen bereits schon auf dem ehemaligen Johanniskirchhofe die ersten Wohnhäuser. Als dann 1820 die Leipzig-Chemnitzer Chaussee (heutige Leipziger Straße) angelegte wurde, kam bei Grabungsarbeiten der alte Gottesacker zum Vorschein.
Auch später noch fand man bei Schachtarbeiten immer wieder Gebeine und Sargüberreste. Heute ist das gesamte ehemalige Kirchgrundstück überbaut und als solches nicht mehr erkennbar.
Vermutliche Lage der Johanniskirche (Skizze von Robert Weber, 1929)